В настоящем (07 год) Уивер создаёт ИИ, выдаёт ему тело Кромарти и учит "добру и милосердию" (без сарказма ) Через некоторое время в будущем "Джон и Ко." узнают о существовании Уивер и о её "работе", НО т.к. в прошлом роботы (и конкретно Кромарти) были довольно агресивны ( мягко говоря ) то вместо того чтобы понять что-же всё таки получилось они пытаются ИИ уничтожить. На что ИИ реагирует вполне предсказуемо, пытается уничтожить их, с чего в общем и начинается вся заваруха с полётами в прошлое.

Почему возникла такая мысль:
1: серия 2х9. Фишер отправлен в прошлое, где выполняет задание на СкайНэт, в результате подставляет самого себя, получает пожизненный срок, работает на СкайНэт (т.е. его действия в будущем определены его прошлым, которое устроил он сам )
2: Элиссон единственный выживший после попытки ФБР захватить Кромарти, если я не ошибаюсь то на вопрос "Почему?" Кромарти ответил что-то "Ты единственный кто понимает"

Если всё это собрать то получается что вероятно Джон ( а скорее всего Сара и Дэрек) из-за своего настроя против машин (благо причин ооооочень много) узнав о создании ИИ ( а тем более о том что ИИ похож на Кромарти) провоцируют ИИ на само-оборону. После чего в будущем злой ИИ начинает рассылать роботов в прошлое с целью убить Джона (самый логичный метод обороны.)