Я думал, что все и так понятно, но если нет, то напишу подробнее:

Кэмерон отдала свой чип Джону Генри, чтобы он переписал туда свое сознание, и вставил чип в голову Кромарти. Сама Кэм осталась в компьютере, где раньше жил Джон Генри, и да, это она писала "Прости меня, Джон".

Джон Генри в теле Кромарти отправился в будущее. Туда же потом отправилась Уивер и Джон (в смысле, Коннор). Естественно, это изменило будущее соответствующим образом.

Почему Сара осталась в прошлом? Кто знает... Наверное, продолжать бороться со Скайнет в лице Калибы. Может быть, с помощью разума Кэм, если конечно, Сара не уничтожит лабораторию.