Если касаться основной идеи, то можно все описать следующим образом:
Во всех ОС имеется т.н. ядро, которое, по идее, должно полностью загружаться в оперативную память одним "куском", в одну область оперативной памяти. Все процессы (читай, процедуры, подпрограмы), запущенные в ядре, получают полный доступ ко всему ядру и к другим процессам, запущенным там же. Это может привести, например к тому, что один процесс может изменить переменные (или вообще, данные), которые используются другим процессом. Тогда второй процесс (который, неудачНЕГ) может просто рухнуть или выдать непонятно что. Ну а если рухнул процесс в ядре системы, то "Здравствуй Синий Экран Смерти" Проблема в том. что драйверы устройств и другие утилиты сторонних разработчиков (в смысле, не созданные разработчиками ОС) тоже попадают в ядро, а т.к. сделаны они непонятно кем, непонятно как и фиг знает с каким интерфейсом (разработчики же не знают полностью весь код ядра, например Windows), то ... опять же "Здравствуй Синий Экран Смерти"
В ОС, основанных на микроядре, тоже имеется ядро, но в нем сосредоточены только жизненно необходимые для ОС процессы. А все остальное запускается в т.н. пользовательском режиме или пользовательском адресном пространстве. Пользовательский режим есть и в монолитных ОС, но он используется для программ, запущенных пользователем (или от его имени). Два процесса, запущенные в пользовательском режиме, загружаются в разные участки оперативной памяти и не могут получить непосредственный доступ к переменным друг друга и обрушить друг друга они не могут.
В этом случае сама ОС работает, естественно, в режиме ядра, а вот все остальное - в режиме пользователя. Т.е., если Вы не можете непосредственно прочитать содержимое конкретного регистра процессора, то и драйвер мышки не сможет этого сделать, ему необходимо обратиться к ядру системы, ядро считает искомое значение регистра и выдаст его драйверу.
Короче говоря, микроядро отделяет аппаратную часть компьютера от фиг знает кем написанного ПО.
Сайт про MINIX 3: http://minix3.ru/